匐行性角膜溃疡的治疗以局部使用抗生素药物治疗，主要是频繁滴用氟喹诺酮类抗生素药物，治疗期间可以根据病情调整敏感的抗生素药物。对于有慢性泪囊炎患者需要进行泪囊摘除，以断绝肺炎链球菌的来源。
一、药物治疗
1、0.5%氧氟沙星滴眼液：急性期可应用氟喹诺酮类抗生素，如0.5%氧氟沙星滴眼液，使角膜基质很快达到抗生素治疗浓度。也可以使用5%的头孢唑林滴眼液。同时可使用大环内酯类眼膏，如红霉素眼膏。
2、妥布霉素：结膜下注射抗生素如妥布霉素等，能提高角膜和前房的药物浓度，但是容易引起结膜下出血和瘢痕化，需要根据病情决定。
3、阿托品：睫状肌麻痹剂如阿托品酰胺滴眼液散瞳孔，防止虹膜后粘连。
4、维生素B、维生素C：常规给予维生素C片、复合维生素B片、维生素AD胶丸等药物支持治疗，促进角膜溃疡愈合。
二、手术治疗
对于药物治疗无效，病情急剧发展，可能或者已经出现角膜溃疡穿孔，甚至眼内容物脱出者，可以考虑角膜移植，慢性泪囊炎可摘除泪囊。还可行结膜瓣遮盖术，其具有有效控制炎症、促进角膜溃疡愈合、保存眼球的优点。
三、其他治疗
眼睛分泌物增多可以使用生理盐水冲洗结膜囊，将分泌物、坏死组织、病原体及其毒素冲出。