肺炎支原体、衣原体感染的治疗，使用常规的青霉素、头孢菌素等无效，要使用大环内酯类药物，如罗红霉素和阿奇霉素。目前，主要采用静脉注射阿奇霉素3-5天，再口服阿奇霉素3周，即吃3天停4天的方法。支原体和衣原体的治疗时间很长，因为肺炎支原体抗体检测，受感染时间的限制。对疑似近期感染者，在未取得检测结果前，经验性选择大环内酯类药物治疗，是十分必要的。经有效抗生素治疗，可缩短病程，减轻症状，减少并发症的发生。如治疗不彻底，不能完全清除病原体，则病情容易复发，甚至可从病人呼吸道分泌物中，分离出肺炎支原体达数月之久，从而成为感染的传播者。