单发的脂肪瘤病因不明，更多见于肥胖者，而在多发性脂肪瘤的患者中大约有1/3的患者有明确的遗传特性，即家族性多发脂肪瘤。有研究指出糖尿病患者和高胆固醇人群中脂肪瘤的发病率较高，半数以上的脂肪瘤存在细胞遗传学异常，例如12号、6号、13号染色体的异常，这些染色体的异常可能是导致脂肪瘤发生的重要原因。