多西环素用于敏感的革兰氏(+)菌和革兰氏(-)杆菌导致的上呼吸道感染，扁桃体炎，胆道感染，淋巴结炎，蜂窝组织炎，老年慢性支气管炎等，也用于治疗斑疹伤寒，羌虫病，支原体肺炎等，也可以用来治疗霍乱，也可以用来预防恶性疟疾和钩端螺旋体感染。目前临床上主要用于治疗布氏杆菌病，其药品特性与四环素和土霉素有较强的相关性，因此对于立克次体，支原体，衣原体也有一定的作用。