肥厚型梗阻性心肌病治疗主要以减轻和消除梗阻为主，药物治疗仍为首选贝塔-肾上腺素能阻断剂、维拉帕米最为常用，还有抗心律失常药物丙吡胺，其负性肌力特性对治疗有效。梗阻性肥厚型心肌病部分患者不耐受药物治疗或效果不佳的，应考虑非药物治疗手段的应用，主要包括起搏器植入，化学消融和外科手术的方法，肌切除或加二尖瓣成形术为标准术式。