两者都是骨的原发恶性肿瘤，肿瘤组织来源方面骨肉瘤是源于间叶组织的恶性肿瘤，以能产生骨样组织的梭形基质细胞为特征，而尤文肉瘤是具有不同程度神经外胚层特点的小圆细胞肿瘤，肿瘤由形态一致，密质排列的小细胞构成。在致病机制方面，骨肉瘤存在明显的多倍体改变以及多发染色体异常，多个基因如P53，RB基因异常改变与成骨肉瘤的发生有关，但是骨肉瘤不存在特异性的基因改变，而尤文肉瘤多数存在特意的11号和22号染色体易位形成融合基因，导致肿瘤发生。在临床上，骨肉瘤多见于青少年，而尤文肉瘤更好发于儿童。骨肉瘤好发于四肢长骨的干骺端，而尤文肉瘤更偏向于骨干及中轴骨。在治疗方面，骨肉瘤与尤文肉瘤的区别在于骨肉瘤对放疗不敏感，手术切除占有更重要的地位，而尤文肉瘤对放化疗很敏感，手术只起到辅助的作用。