在疟疾发作的治疗中，最重要的是杀灭红细胞内的疟原虫。其次就是对症及支持治疗。抗疟原虫的治疗药物主要分两类。第一类，杀灭红细胞内裂体增殖疟原虫的药物：主要有氯喹，青蒿素及其衍生物，磷酸咯萘啶，甲氟喹，其它还有些新近研制的和不常用的药物比如奎宁等。第二类，杀灭红细胞内疟原虫配子体和迟发型子孢子的药物：主要有磷酸伯氨喹，特芬喹，青蒿琥酯，氯喹，磷酸咯萘啶。对症处理，脑型疟疾常有脑水肿与昏迷，应及时脱水治疗。监测血糖，及时纠正低血糖。超高热患者可用肾上腺皮质激素，布洛芬等解热镇痛药。用己酮可可碱可提高脑型疟疾患者的疗效。