疱疹性咽峡炎的疱疹部位仅限于咽峡部位，去软腭、悬雍垂、舌腭弓、扁桃体、咽后壁等口腔后部出现灰白色小疱疹，周围赤红，1-2天内疱疹溃破形成溃疡，口腔及身体其他部位不见有皮疹或者疱疹。而手足口病在口腔内可见散发性的疱疹或者溃疡，多位于舌、颊粘膜和硬腭等处，此外患儿手掌、脚掌、臀部、肘关节及膝关节等部位也可见散在皮疹或者疱疹。