囊肿型痤疮的病因包括内分泌因素、免疫因素、微生物感染等。
1、内分泌因素：现代研究表明内分泌因素尤其是雄激素的代谢水平是痤疮发生的重要因素。雄激素在痤疮的发病机制中主要是增加皮脂腺的活性，雄激素分泌旺盛，可刺激皮脂腺细胞的增生与分泌。
2、免疫因素：皮肤免疫系统参与痤疮的发病过程，无论是毛囊皮脂腺角质形成细胞的过度增生，还是炎性皮损处都参与痤疮的发病过程。
3、微生物感染：皮肤微生物群与宿主、环境之间应保持生理、动态的平衡，这种平衡有益于宿主。一旦该微生态平衡被打破，患者面部菌群发生异常，菌群结构和数量发生改变，易导致疾病的发生。