蜡样芽孢杆菌与少数食物中毒的病例有关系，约占2~5%。蜡样芽孢杆菌引起食物中毒主要与两个因素有关系，一个就是感染细菌的量，二个就是细菌产生的肠毒素的毒力。蜡样芽孢杆菌通常产生两种肠毒素，第1种就是耐热性肠毒素，在100摄氏度的温度下，30分钟不被破坏，常常引起呕吐的中毒症状，在变质的米饭中形成。第2种就是不耐热肠毒素，是引起急性胃肠炎腹泻的主要原因，在各种食物中都能够形成。