目前在临床上婴儿痉挛症引起的原因及机制仍然不是很清楚，但是大部分的临床研究认为婴儿痉挛症与脑部损伤或者是异常有着密切的关系。当婴儿的脑部发育异常或者是染色体病变引起脑发育障碍等以及颅内的一些感染，都有可能会引起婴儿痉挛症的出现。此外，像脑脂质沉积症、糖代谢异常、氨基酸代谢异常、维生素缺乏等因素会引起体内的代谢紊乱，进而出现婴儿痉挛症。另外，缺血缺氧性脑病，一些药物中毒，都有可能会引起婴儿痉挛症的发生。