扁平疣的治疗一般推荐局部外用具有角质剥脱的药物或细胞毒性药物，这些药物对正常皮肤具有一定的刺激性，故使用中仅涂于疣体上。可以使用的药物和方法包括0.5%-1%的鬼臼毒素酊剂，每日外用2次；5%的5-Fu软膏；0.025%-0.05%维a酸制剂，他扎罗汀凝胶，咪喹莫特软膏等。液氮冷冻治疗适用于部分疣体孤立，数目较少，且病程较长者。系统治疗可以用干扰素100万单位肌内注射，一周三次，连续三周，也可用中药外用和内服。