支原体肺炎的潜伏期约2-3周，通常起病较缓慢，症状主要为乏力、咽痛、头痛、咳嗽、发热、食欲不振、腹泻、肌痛、耳痛等，咳嗽多为阵发性刺激性呛咳，咳少量黏液，发热可持续2-3周，体温恢复正常后可能仍有咳嗽，偶伴有胸骨后疼痛。肺外表现更为常见，如皮疹、皮炎、斑丘疹和多形红斑等，体格检查可见咽部充血，儿童偶尔可并发骨膜炎或中耳炎，颈淋巴结肿大，胸部体格检查与肺部病变程度常不相称，可无明显体征。