厌氧菌肺炎并发症多见，大部分与原有的多种基础疾病有关，常见的有休克、败血症、脓毒血症、心律失常、水电解质紊乱、酸碱失衡、呼吸衰竭、心力衰竭、多器官功能衰竭等，并发症出现后病情重、进展快、死亡率高。肺部厌氧菌感染的预后，取决于患者的全身状况、感染类型和治疗是否及时。老年、全身衰竭、坏死性肺炎和支气管阻塞等均为预后不良的决定因素。一般社区获得性厌氧菌肺炎的预后是良好的，医院内获得性厌氧菌肺炎患者都有基础疾病，常继发革兰阴性菌感染，故预后不良，病死率可达5%-12%。