合并发热可以给予洛芬等退热药物。有高热惊厥及严重肌痛的可以给予镇静剂和止痛剂抗病毒治疗，可以选用利巴韦林，干扰素等。抗生素对病毒性咽峡炎无效，如果考虑合并细菌感染，可以酌情使用抗生素。中药治疗对此病一定效果，部分的清热解毒的中成药，如板蓝根等也可以选用。疱疹性咽峡炎主要采取对症治疗，多注意休息，多饮水。清淡的流质饮食，补充维生素类，注意口腔卫生，保持口腔清洁。