慢性粒细胞白血病的病因目前仍旧没有明确，但认为费城染色体与该病密切相关，大概有90%-95%的病人都会出现费城染色体，目前比较肯定的诱因主要有苯以及一些衍生物，电离辐射也可能导致慢粒的发生。电离辐射导致慢性粒细胞白血病，与干细胞的染色体损伤关系密切，但它的机理尚无定论。一般认为和细胞遗传学异常有关，因为95%以上的慢性粒细胞白血病患者，有一些特异性的细胞遗传学异常，即Ph染色体。慢性粒细胞白血病临床缓解后，Ph染色体数目可减少，疾病复发时或者处于加速期时又会增多，所以Ph阳性细胞的持续存在是慢性粒细胞白血病复发和难以根治的主要原因。综上所述，慢性粒细胞白血病多数跟染色体异常有关，在治疗时通过修复染色体进行治疗。