半椎体畸形治疗方式视病情发展而定，可选择非手术治疗与手术治疗。非手术治疗主要为支具固定，手术治疗方式的选择视患儿骨骺是否闭合分为两大类。骨骺闭合前手术有利于控制畸形进一步的加重，骨骺闭合后的手术选择在于矫正畸形，缓解症状。
一、药物治疗
半椎体畸形以手术治疗为主，尚无有效药物治疗。
二、手术治疗
1、骨骺闭合前手术：半椎体畸形的最佳治疗应尽可能的在骨骺闭合之前进行，有利于控制畸形进一步的加重。
（1）脊柱原位融合术：特别适用于有单侧未分节者，如一侧骨桥合并对侧半椎体畸形。手术时机宜在5岁前，最好是在明确已有病情加重而较严重的畸形还未出现时。手术的关键是多而广的融合植骨，这可能需要异体骨与自体髂骨，融合范围包括上、下两个正常椎体，术后石膏固4~6个月。
（2）凸侧半骨骺固定术：由于该手术必须尽早实施，因而限于年龄＜5岁的患儿及不伴有显脊柱不平衡的侧弯小于40度者。而且手术要求半椎体凹侧必须要有一定的生长潜能，因而对侧伴有分节不全畸形的患者并不适宜，对有过度后凸者也不宜做这类手术。手术中需去除半椎体至少1/3的骨骺及其上下相邻椎间盘的凸侧半，然后进行植骨融合，石膏固定4~6个月。手术通过阻止凸侧过度生长，使脊柱凹侧继续生长来达到矫形目的。
（3）半椎体切除术：手术可应用于各年龄段，若侧弯进展或疼痛加重就有半椎体切除的必要，半椎体切除的作用为控制弯曲发展和矫正弯曲。手术应尽早进行，以免发生继发性骨性变化。一般推荐用于年龄<5岁，单一半椎体导致显著不平衡和进展性侧弯>40度。手术最好在2岁后进行，此时患儿能够耐受石膏固定，融合率较高，而且有器械内固定的解剖条件。半椎体位于侧弯顶端最适于该手术，手术用于胸腰段脊柱或其以下的半椎体畸形更好。
（4）脊柱侧弯的矫正及融合：半椎体畸形上下有柔顺节段的患儿可以进行部分的侧弯矫形手术，往往适用于年龄较大的儿童。前路手术与否要取决于对曲轴现象风险的评估，由于生长异常有时难以明确。部分矫正的手术实施于侧弯柔顺的部位，而并非僵硬和畸形的区域。术中需行脊柱牵引，防止术中脊柱突然被拉长而发生脊髓损伤，术中脊髓监测和唤醒测试是有帮的。
（5）非融合的器械矫形：对于生长、发育中的患儿进行脊柱融合或骨骺固定都会阻碍躯干进一步发育，使用非融合性的内固定器械能同时阻止侧弯的进展和尽可能维持脊柱的发育。尽管如此，这种手术方式仍存在争议，效果并不明确。该手术中的植入棒其头尾之间有内部连接，每4~6个月可通过连接部来延长直至最终脊柱融合。
2、骨骺闭合后手术：
（1）半椎体切除术：半椎体切除术的最佳年龄为2~5岁，但对于骨骺闭合的青少年或成人也是适合的。在矫正手术中，往往需要切除半椎体，同时植骨内固定。骨骺闭合以后的患者骨骼育成熟，可以使用标准的脊柱内固定器械，但仍需警惕合并的脊柱畸形，以免发生严重的神经畸形。同时行椎弓根螺钉内固定和融合，没有并发症发生。
（2）重建性截骨和内固定：有时一些严重僵硬性脊柱畸形的患者经上述手术不能获得好的效果，残余畸形可以通过椎体截骨和内固定来得以矫正。手术适应于年龄较大或者青春期的患者，其椎体单侧未分节、病变部位僵硬、严重成角侧弯，骨盆倾斜、躯干形态失代偿、进行性畸形和神经功能损伤也是其适应证，手术通过脊柱前后入路行楔形截骨及融合术。
三、其他治疗
非手术治疗主要是支具固定，支具很少应用于半椎体畸形的治疗中，因为这些支具通常不能影响先天性脊柱侧弯的进程。半椎体畸形所致的先天性脊柱侧弯是典型的非柔韧性脊柱弯，支具难有疗效，而且支具持续的作用可导致胸壁的畸形。