甲状腺功能减退时，补硒治疗的目的主要是针对引起甲减的某些疾病进行治疗，预防这些疾病的加重或发展，而并不是为了治疗甲减。
在甲减时很多时候补硒治疗是针对甲状腺功能减退时的病因，特别是对自身免疫性甲状腺炎抗体升高、甲状腺过氧化物酶升高时的一种治疗。部分研究发现，通过补硒治疗能够减轻抗体的程度，预防甲状腺炎的进一步发展，包括产后甲状腺炎的发生几率，也可以有一定降低。同时在补硒治疗后，这些甲状腺炎的超声改变会有一定向好的方向发展，所以在这些能够引起甲减的疾病时，补硒治疗认为可能有效，但在甲减时补硒并没有改善甲减的直接作用。