1、粪便直接涂片：医生可能会直接对患者进行粪便涂片检查，通过该检查项目，检查粪便中是否有虫卵，可直接确诊。
2、粪便培养：指对采集粪便标本进行培养、分离、鉴定及药敏分析。在粪便培养中可能直接找到肠毛滴虫，通过细菌培养也能排除其他的肠道细菌感染。
3、免疫学方法：一项用于检查寄生虫的辅助检查方法，可以检测肠毛滴虫的特异性抗原以寻找毛滴虫，常用的免疫学方法有荧光抗体检查法、ELISA法、胶乳凝集法等，但临床较少采用免疫学方法检查。