男性不育主要做的检查包括：精液检查；阴囊超声，必要时经直肠前列腺超声；性激素检测；射精后尿液分析；基因检查；精子抗体检测；输精管造影以及精子功能特殊检查等。通过检查查明病因，然后针对病因积极进行治疗。此外如果是因为女性体内有抗精子抗体引起的不育，夫妻一起治疗。