先天性青光眼主要以降低眼压为主，选择局部或全身应用的降眼压药物或手术治疗，根据病人的临床分类，选择不同的治疗方案。
一、药物治疗
1、醋甲唑胺滴眼液：作为一种碳酸酐酶抑制剂，可通过减少房水生成来降低眼压，多作为局部用药不能良好控制眼压时的补充，剂量和时间均不宜过大和过长。
2、拉坦前列素：属于前列腺素类衍生物，眼部有炎症的患者，不建议使用此类滴眼液。
3、甘露醇：作为高渗脱水剂，可使眼球内脱水，从而降低眼压。
4、阿托品滴眼液：局部滴眼可麻痹睫状体，主要用于合并眼前节炎症的患者。
二、手术治疗
1、房角切开术：是婴幼儿型青光眼的第一选择，手术成功率与青光眼的严重性、发病年龄或手术时年龄有关。
2、小梁切开术：除了用于婴幼儿型青光眼，对于药物不能控制的青少年型青光眼亦可选用。
3、穿透性角膜移植术：通过房角切开术或小梁切开术，能够控制眼压稳定和视神经损害不再发展，但如果持续性角膜混浊，则需要行穿透性角膜移植术。
三、其他治疗
矫正视力：对进行性近视或不规则角膜散光的患者，需散瞳验光配镜矫正视力，并进行弱视训练治疗。