由于先天性喉软化症患儿的病因与发病机制较为复杂，目前没有有效的治疗方法，但疾病的严重程度不同，其治疗的方法也不同，轻中度患儿通常采取保守治疗，如服用维生素、鱼肝油等，重度患儿应采取药物与手术治疗，治疗周期一般为4~18个月。
一、药物治疗
1、西咪替丁：本品具有显著抑制胃酸分泌的作用，能明显抑制基础和夜间胃酸分泌，能够有效缓解重度先天性喉软化症患儿由于胃食管倒流所引起的胃烧灼感。
2、赖氨酸维B12颗粒：本品具有加速儿童生长发育、增进食欲、消除异食癖的作用，有抗贫血、增强体质和抗病的功效，可减少患儿并发由营养不良导致的相关疾病。
二、手术治疗
1、气管切除术：先天性喉软化症患儿若出现严重的病症，可选择此法。手术前应先进行喉镜检查，对喉部病变做出评估，在喉镜引导下插入婴幼儿支气管镜，若出现严重缺氧，在吸净气管内分泌物后给氧，而后再进行气管切开。
2、会厌部分切除术：适用于会厌过大、过软或过度后倾而引起喘鸣的病例。手术采用全身麻醉，在喉镜下将部分或大部分会厌切除，切除会厌后一般不会发生饮食发呛的现象。过度后倾的会厌，还可采用舌根及会厌舌面下2/3黏膜剥离术形成创面，使舌根与会厌粘连，会厌立起而症状消失。
三、其他治疗
激光做保守的喉组织切除术，称声门上成形术。
1、用激光切除声门上多余组织：需全身麻醉，在支撑喉镜下进行。
2、激光切开杓会厌皱襞：适用于短而薄的杓会厌皱襞病例，切开后会厌位置前移，症状消失。