扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的。人乳头瘤病毒可以通过直接或者间接的接触而感染，比如皮肤的外伤及破损，对人乳头瘤病毒感染重要因素，医源性感染也是间接接触感染引起的途径。扁平疣的发生与积极的免疫有重要的关系，在免疫缺陷的状态下，比如肾移植的患者，经常服用免疫抑制剂，恶性淋巴瘤及白血病的患者免疫功能低下时，扁平疣的发病率就明显增高，尤其是细胞免疫功能明显低下的时候，疣常常发生，这与积极的全身免疫功能状态低下，即免疫耐受有一定的关系。