空肠回肠憩室可分为先天性和获得性，先天性憩室的病因主要是先天性因素，由卵黄管退化不完全引起。获得性憩室的病因主要是后天性因素，目前尚未明确，推测肠腔内压力升高和肠运动功能不协调引起获得性憩室。
一、主要病因
1、卵黄管退化不完全：在胚胎发育早期，卵黄管一般会完全退化，从肠壁脱落被吸收。但是如果卵黄管退化不完全，回肠末端未闭塞，则会成为梅克尔憩室。
2、肠腔内压力升高：暂时性肠梗阻、便秘、肠痉挛等使肠腔内压力升高，压力将黏膜层或黏膜下层推出形成憩室。
3、肠运动功能不协调：回肠炎症、神经病变等导致小肠平滑肌萎缩、纤维化或小肠动力失调，肠运动功能不协调，肠壁从薄弱的肌层扩张形成憩室。
二、诱发因素
内脏神经病变常引起小肠动力失调，使肠运动不协调，肠腔内压力升高，使肠壁从肌层薄弱处，如营养血管贯穿肠壁处向外突出产生憩室。