皮肤囊肿准备手术一般挂普外科或者是骨外科，其中普外科最常见。因为皮肤囊肿往往位于皮肤表面的肿瘤，位置表浅，普外科是其首要选择。
普外科所治疗的主要疾病，包括体表肿物、腹部内脏问题，还有体表及深部血管问题、甲状腺问题等。骨外科主要处理骨骼和肌肉肌腱、深部血管神经等疾病，如果皮肤囊肿位置较深，尤其波及肌肉、血管和神经，则骨外科是首选。因此，皮肤囊肿就诊哪个科室还是要取决于肿物的深度，临床需要行彩超或局部CT检查，来具体明确其深度。