胎儿发育畸形的原因有很多，常见的胎儿畸形有：脑积水、脊柱裂、脑脊膜膨出、足内翻、无脑儿。内脏发育畸形，包括内脏膨出、先天性肾缺如、先天性消化系统畸形、先天性膈疝、先天性心脏病。胎儿发育畸形的原因，常常有可能是在早孕期，染色体核型异常基因突变，这是由化学性物质、放射性物质、药物的作用等引起的。精子与卵子本身发育缺陷，也是胎儿发育畸形的原因。