根据实验室检查结果指导治疗，一般治疗和对症治疗，对于有并发症的重症患者要进行氧疗，维持生命体征，辅佐中医治疗。
一、一般治疗
1、隔离治疗：对疑似病例和确诊病例应尽早隔离治疗。
2、对症治疗：根据患者缺氧程度可采用鼻导管、经鼻高流量氧疗、开放面罩及储氧面罩进行氧疗；高热者可进行物理降温或应用解热药物；咳嗽、咳痰严重者可给予止咳祛痰药物。
二、药物治疗
抗病毒治疗能改善症状并有效减少体内病毒的含量。治疗的早晚与预后相关，若迟用药物可能会增加死亡风险。抗病毒治疗药物主要有神经氨酸酶抑制药和离子通道抑制药两类。
1、神经氨酸酶抑制药：1、奥司他韦：可抑制流感病毒甲、乙型的神经氨酸酶活性，使病毒颗粒不能从细胞中释放活聚集。
2、帕拉米韦：重症病例或无法口服者可用帕拉米韦氯化钠注射液，重症病例可适当延长。
3、扎那米韦：它是一种神经氨酸酶抑制剂，可选择性地抑制流感病毒表面的神经氨酸苷酶，抑制流感病毒A、B的复制。适用于流感症状出现不及2天的急性感染，或无并发症的流感。
2、离子通道Ｍ２阻滞剂：目前监测资料显示所有H7N9禽流感病毒对金刚烷胺和金刚乙胺耐药，不建议使用。
三、手术治疗
H7N9禽流感以系统药物治疗为主，一般无需手术治疗。
四、中医治疗
在辨证论治的基础上选择疏风解毒胶囊、连花清瘟胶囊、金莲清热泡腾片等具有清热解毒、宣肺止咳功效的药物。
五、其他治疗
重症患者的治疗除了抗病毒治疗外，对多器官衰竭患者应建立起相应的支持治疗。处理要点是抗休克治疗，抗低氧血症治疗，防止多脏器功能衰竭，维持水、电解质平衡，维持微生态平衡。慎用糖皮质激素。