甲真菌病的治疗以药物治疗为主，根据给药途径可以分为外用药物治疗和口服药物治疗，也可以辅助激光治疗、光动力治疗、离子导入等其他治疗方法。
一、药物治疗
1、外用药物：
（1）冰醋酸溶液：用小刀尽量去除病甲，然后外用30%冰醋酸溶液，冰醋酸具有抗细菌及真菌作用。本品不宜长期使用，尤其年轻患者，不宜大面积使用。糖尿病、四肢周围血管疾病患者慎用，可引起急性炎症和溃疡，涂药后应立即洗手。
（2）阿莫罗芬：阿莫罗芬为广谱高效抗真菌药，目前使用较多，主要通过改变构成真菌细胞膜的脂类生物合成来实现。使用前应尽量先锉光病甲并清洁，在第二次使用本品时应先擦去旧的药剂再重新涂药，在治疗期间避免使用指甲油及人工甲。
（3）环吡酮胺：目前使用较多，第一次外涂药物之前尽可能去除病甲，环吡酮胺对引起甲真菌病的致病菌有较强的抑制和杀菌作用，并能穿透指(趾)甲。8%环吡酮甲涂剂对甲板有强劲的穿透力，在甲下局部保持较高的药物浓度而起作用。
2、口服药物：
（1）伊曲康唑：伊曲康唑吸收良好，口服后2.5小时内可达血浆浓度峰值，主要在肝脏代谢。儿童、老年患者在利大于弊时，可考虑使用本品或在医生指导下服用。伊曲康唑不良反应发生率伊曲康唑约为7.1%，多为与其他药物发生相互作用，因此服用本品时要谨遵医嘱。
（2）特比萘芬：本品可有效治疗皮肤霉菌病、皮癣菌引起的甲真菌病，肝功能损害患者及老年人慎用，从剂量范围内最小剂量开始使用，常见皮疹、腹泻、恶心、头痛、咳嗽等不良反应。口服特比萘芬吸收良好(＞70%)，食物不影响其吸收。
3、氟康唑：对念珠菌和皮癣菌具有抗氧活性，但对其他霉菌具有耐药性，口服后吸收情况良好，不受食物影响。
二、物理治疗
1、激光治疗：激光治疗能够避免外用及口服用药带来的不良反应，因使病甲局部接受激光较高密度的能量，且对病原菌具有一定的抑制作用。但激光治疗目前尚缺少系统的临床与实验研究，可作为外用药及口服药的辅助治疗。
2、光动力治疗：利用光敏剂结合一定波长的红光进行照射，产生单态氧、氧自由基等杀伤病原微生物，从而达到甲真菌病的治疗目的，可作为外用药及口服药的辅助治疗。
3、离子导入：利用低电流让局部药物更好的渗透进入甲板和周围的组织，提高治疗疗效，但这种方法难以穿透甲板全层，可作为外用药及口服药的辅助治疗。