导致肺脓肿最常见的致病菌是厌氧菌，典型临床表现是咳脓臭痰。如果患者确诊为肺脓肿后，首先要需要使用有效的抗生素进行治疗，使用的抗生素要覆盖厌氧菌，例如青霉素甲硝唑、奥硝唑、克林霉素、林可霉素等等。同时，可完善痰培养检查，根据药敏结果试验选择抗生素。
要注意引流，包括体位引流和使用祛痰药物，常用的祛痰药物包括氨溴索、桉柠蒎、溴己新等等。经过上述治疗无效的情况下，还可以考虑支气管镜介入治疗，优点是可以局部给药，进一步促进痰液的引流。经过上述治疗仍无效的情况下，有手术指征时可以考虑手术治疗。