在临床上低位肛瘘一般多见的是直瘘，其瘘管的长度为2-3公分，但这个不是绝对的。很多的瘘管走行相对比较复杂，有些低位的复杂性肛瘘，瘘管甚至可以呈半马蹄状甚至马蹄状，所以瘘管的长度并不固定，如果为马蹄状的瘘管，其长度有可能会达到5-10公分以上。
低位肛瘘的手术相对比较简单，可以单纯的行瘘管切开或者瘘管切除术，手术对肛直环的损伤也相对偏少，术后不会对肛门功能造成影响。由于肛瘘无法自愈需要行手术治疗，所以建议患者及时去医院行手术治疗。