扁平疣是由病毒感染引起机体免疫力下降而发病，眼部的扁平疣的治疗，首先要看扁平疣的多少、大小、分布的范围，如果是特别的多，在短期之内逐渐的增多，可以选择系统的用药治疗。如口服或者注射提高免疫力的药物，如胸腺肽、甘露聚糖肽、转移因子胶囊等。
还可以加用外用的抗病毒的药物，如干扰素、酞酊胺、HPV敷料等，还可以合用去角质的药物维A酸乳膏，这样可以增加疗效。如果这个扁平疣比较少，可以采用物理的去除方法，如微波、激光、高频电离子直接去除疣体。然后再用抗病毒的药物，这样可以预防复发。