虽然有一部分甲减可以好转、痊愈，但是大部分的甲状腺功能减退是需要长期治疗的，不能自己擅自的减药或停药。甲状腺功能减退，如果是亚急性甲状腺炎，或者是产后甲状腺炎，或者是治疗甲亢期间引起的药物性甲减，通过疾病完全的痊愈，那么甲状腺功能减退都能够完全恢复，不需要长期治疗。
但是，如果是由于甲状腺的手术破坏，或者自身免疫性的炎症，像桥本甲状腺炎，或者是碘-131治疗以后造成的甲状腺功能减退，或者是甲状腺癌，把甲状腺切除了以后造成的甲状腺功能减退，都有可能需要进行长期的治疗。在治疗期间，使用左甲状腺素钠替代治疗，定期的评估甲状腺功能的状态，调整好甲状腺激素的水平，这样生活质量能够保障，药物也非常安全。甲减有一部分能够好转，但是绝大部分需要长期治疗。