急性结膜炎传染性强，需要予以重视，局部需要充分使用有效的抗生素眼药水或者眼药膏进行治疗。目前常用的广谱药物，包括喹诺酮类药物或氨基糖苷类药物，如0.3%妥布霉素、1%阿奇霉素、0.3%氧氟沙星、0.3%-0.5%左氧氟沙星滴眼液或眼药膏。
在特殊情况下，可以使用合成抗生素滴眼剂，如甲氧等青霉素。耐药性葡萄球菌性结膜炎，可以使用万古霉素滴眼剂进行治疗。此外，如果分泌物过多，可以使用硼酸水或生理盐水冲洗结膜囊，必要时给予全身药物予以治疗。