小肠间质瘤的治疗原则是争取手术彻底切除，或姑息切除原发灶，复发转移不能切除则采取甲磺酸伊马替尼片治疗，放化疗几乎无效。所以小肠间质瘤首选的治疗方法是手术切除，对肿块体积较小的倾向为良性的间质瘤，可考虑行内镜下或腹腔镜下切除，但需要考虑到的是所有的胃肠间质瘤均具有恶性潜能，如果切除不充分则有复发和转移的危险。所以提高疗效的关键是首次手术就完整彻底地切除肿瘤。小肠间质瘤的手术切除方案中整体切除比部分切除的治疗效果好，5年存活率高。间质瘤极少有淋巴结转移，所以手术一般不进行淋巴结的清扫。对倾向为良性的小肠间质瘤，通常的手术切缘距肿瘤边缘2cm就足够了；但对于倾向为高度恶性的间质瘤，应行根治性切除术。对于倾向为高度恶性的小肠间质瘤，即使完整彻底地切除肿瘤，可能也并不能彻底治愈，因为其容易复发和转移，且小肠间质瘤对常规放、化疗不敏感，甲磺酸伊马替尼片是治疗不可切除或转移的间质瘤的最佳选择。如果治疗有效，应持续用药，直至疾病进展或因毒性反应不能耐受，中断治疗将导致疾病进展加速。如果对甲磺酸伊马替尼片产生原发性耐药或继发性耐药，比如出现体液潴留、恶心、呕吐、腹泻、肌痛、皮疹、骨髓抑制、肝功能异常等，第一可以提高甲磺酸伊马替尼片的剂量，第二应尽早应用二线药物。