由于局灶节段性肾小球硬化症对激素和细胞毒药物治疗反应性差，治疗时间较其它病理类型要适当延长，但激素治疗无效的达60%以上，预后与激素治疗效果及蛋白尿的程度密切相关，激素治疗效果好，预后就好。
原发性局灶节段性肾小球硬化症属于病理诊断，明确诊断必须依靠肾穿刺活检，但由于病因及发病机制并不清楚，因此并无有效的预防措施。