巧克力囊肿常见的症状是痛经、腹胀等不适，少数人可以发生囊肿破裂，则可以产生急性腹痛。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，并在卵巢处随着体内雌孕激素变化而出血，导致囊肿逐渐增大。
巧克力囊肿对卵巢功能影响比较大，会使卵泡减少、卵巢皮质纤维化，从而出现排卵减少。巧克力囊肿的标准治疗是需要用手术剥除囊肿，后续用药物防止复发。