慢性根尖周炎的治疗原则是解除疼痛，治愈根尖周病，修复缺损，保存患牙，恢复功能。目前最主要的治疗方法就是进行根管治疗术、根尖切除术和牙髓塑化疗法。治疗本病的有效药物有盐酸米诺环素软膏、康复新液、克拉霉素等。本病的治疗周期在两周左右，是短期治疗。
一、药物治疗
1、盐酸米诺环素软膏：盐酸米诺环素软膏属于光谱抗生素，是口腔科内常用的消炎药物。此药是由四环素合成，具有较强的抗菌作用，能够有效抑制炎性因子，改善患者的病情。
2、康复新液：康复新液对细胞、体液具有较高的特异性免疫，能够结合自由基对受损组织进行修复，抑制肉芽组织增生，使黏膜得到修复。同时能够提高患者免疫力，避免炎性因子的再次侵袭，使患者的病情得到显著改善。
3、克拉霉素：克拉霉素作为一种大环内酯类抗生素，进入体内后在龈沟液、唾液和牙龈中分布浓度较高。不仅对牙周致病菌有较好的抑制作用，还能明显降低机体内各种炎症因子水平，调节机体免疫力，非常有利于慢性牙周炎的治疗。
二、手术治疗
1、根管治疗术：根管治疗术是目前治疗慢性根尖周炎最彻底、最有效的方法。根管治疗是利用机械和化学方法彻底消除髓腔中的感染物质，经过严格的根管消毒，再用根管充填剂严密封闭根管。达到防止根尖周再感染、促进根尖病变修复的目的。但因受到根管形态变异、器械和技术条件的限制，有的病例还达不到理想的效果。对根尖病变范围大的病例，还需进行根尖手术，甚至拔除患牙。
2、根尖切除术：当根管治疗术后根尖周病变久不愈合时，则施行根尖切除术或尖周刮治术，即切除患牙的根尖，并刮除尖周的病变组织。拔牙患牙缺损较大不能修复者，可予拔除。
3、牙髓塑化疗法：根管塑化治疗中，目前广泛使用FR酚醒树脂塑化液，主要成分是甲醛和间苯二酚。该塑化剂在聚合成胶冻状之前，有良好的流动性和渗透性。聚合过程中又具有塑化性，塑化病变组织，塑化后体积稳定，从而达到消除感染，封闭侧辅根管及根尖孔的作用。