原发性胆汁性胆管炎治疗包括一般治疗、药物治疗和手术治疗等多种治疗方法，但是目前熊去氧胆酸为唯一推荐的治疗原发性胆汁性胆管炎的药物，患者需要长期治疗。
一、一般治疗
原发性胆汁胆管炎包括增加营养、补充脂溶性维生素、钙剂、双膦酸盐等，对皮肤瘙痒严重影响生活者予以考来烯胺治疗。
二、药物治疗
1、熊去氧胆酸(UDCA) ：可以显著改善肝脏生化指标，减缓组织学进展，延缓门静脉高压发展，延长非肝移植生存率，但是应用熊去氧胆酸治疗的患者30%~40%应答不佳。
2、考来烯胺：皮肤瘙痒为出现最早且最令患者困扰的症状，如果胆汁仍流畅，粪便不为陶土色(无胆汁类便)，口服消胆胺可使95%的患者缓解皮肤瘙痒症。如果应用考来烯胺无效，可试用利福平、苯巴比妥或抗组胺类药物治疗。
3、其他药物：
（1）治疗乏力药物：目前对于乏力尚无特异性治疗药物，尽管多种药物被尝试用于乏力的治疗，包括氟西汀、秋水仙碱、甲氨蝶呤、昂丹司琼，但是仅有英达非尼可能有效。
（2）降血脂药物：如烟酸、阿昔莫司、氯贝特、苯扎贝特、吉非贝齐等药物，能够有效降血脂。
三、手术治疗
肝移植：如果药物治疗无效，肝脏就会开始衰竭，可考虑进行肝脏移植，通过手术将患者的肝脏移除，用他人捐赠的健康肝脏进行替换。
四、中医治疗
清胆汤是一种效果显著的中医方剂，主要由柴胡、郁金、枳壳、大黄、双花等中药所组成，以上药物合用可应用于原发性胆汁性胆管炎的治疗，用药后减轻患者肝脾增大等不适的表现。本方剂能起到理气开郁、利胆通腑的疗效，患者应当按时用药，不能在药液中加入生水，以免引发毒性反应。
五、其他治疗
血清胆红素升高和(或)皮肤瘙痒加重伴有进行性胆管扩张和(或)胆管炎的患者，建议立即行ERCP以除外显著狭窄。胆管显著狭窄的患者，建议内镜扩张或放置支架，对于内镜治疗不成功者应考虑经皮胆管造影扩张胆道或放置支架。