环磷酰胺的副作用主要有恶性肿瘤、出血性膀胱炎、对血液系统的影响(白细胞、血小板减少)、性腺抑制、其他如消化道反应、脱发、过敏、荨麻疹等。对于环磷酰胺治疗肾炎需要注意的情况有:对于末梢血白细胞少于4*109/L时应慎用，少于3*109/L，禁用。合并明显肝脏功能损害、妊娠者禁用。因环磷酰胺对卵泡内的粒膜细胞有毒副作用，导致卵巢功能衰竭，损害男性睾丸的生精能力，所以青春期患者应用剂量不易过大。