治疗慢性肾炎最常使用的药物是糖皮质激素，主要有醋酸泼尼松片和醋酸泼尼松龙片，另外最常使用的药物是免疫抑制剂，包括细胞毒性药物比如环磷酰胺，还有钙调磷酸酶抑制剂，最常使用的是环孢素软胶囊和他克莫司，另外，还有相应的中成药物，比如雷公藤多苷片等。除此之外，往往配合应用保肾以及抗凝的药物，比如保肾的金水宝胶囊和黄葵胶囊、黄芪胶囊，以及抗凝的华法林等等。