小脑萎缩的原因非常多，几乎所有对脑细胞有害的因素，都可以造成小脑萎缩，具体如下：
第一、遗传性因素，遗传性小脑功能失调，由于基因突变造成小脑到一定年龄之后出现自发性凋亡，脑细胞减少之后就可以出现小脑萎缩。
第二、脑血管病，患脑血管病以后，因为小脑慢性缺血，脑细胞减少、萎缩，因此可以出现小脑萎缩。
第三、小脑炎，慢性小脑炎可以造成慢性和弥漫性小脑病变，时间长了也会引起小脑萎缩。
第四、各种各样的中毒，像化学物质中毒、重金属中毒和长期喝酒等等，都会引起小脑萎缩。
第五、不明原因的小脑萎缩，这种小脑萎缩在隐源性脑萎缩当中最常见，至少有1/3的小脑萎缩查不出任何病因，也没有遗传背景，说明小脑萎缩有一些不知道的原因，还需要进一步的去研究。