颅内脊索瘤在磁共振上表现为T1像脊索瘤显示为低到中等信号，在邻近的骨髓腔脂肪则为高信号。有时肿瘤内也可因瘤内出血或者黏液池形成而呈高信号影。T2像为高信号，与含空泡细胞的高含量的液体成分有关。钙化、出血和高蛋白黏液池表现为混杂的低信号，增强时可以看到中到明显强化，部分病例也可以没有强化，可能和肿瘤坏死以及富含黏液池有关。脂肪抑制像可有助于鉴别增强的肿瘤边缘和邻近骨髓的脂肪影。颅内脊索瘤一旦诊断明确，需要早期进行手术联合放射治疗。