全飞秒近视激光手术的过程是在手术开始前核对患者信息，对患者眼表进行表面麻醉，摆正头位，患者需要注视上方绿色的注视光。手术利用飞秒激光完成，时间大概在25秒左右。
手术利用飞秒激光在角膜层间进行二次扫描，形成一枚透镜，医生使用合适的手术器械，通过微切口将制作的光学透镜取出，然后确定取出透镜的完整性，再利用生理盐水进行适当的冲洗，并仔细核对角膜切口，手术即可完成。该手术是一种安全的激光手术，没有激光、打磨、噪音，没有激光引起的烧焦味，最大的优点是不需要制作角膜瓣。