脊索瘤药物治疗方面，主要是选择化疗药伊马替尼，该药是一种酪氨酸激酶抑制剂，具有抗肿瘤效应，对于脊索瘤的治疗可能具有一定的帮助。但是，脊索瘤的治疗主要是采取广泛性完全切除，联合放射治疗为主。由于脊索瘤在组织学上具有低度恶性，但是，由于难以完全切除、复发率高和能够发生转移，因此表现出较高的恶性行为，所以，平均生存期大约是6.3年左右。即使脊索瘤早期进行积极的手术和放疗，仍具有较高的复发率，复发通常在术后2-3年之内发生，是导致患者死亡主要的原因。