对于发生在鞍区的脊索瘤一旦确诊，建议早期进行手术治疗，手术之后建议常规进行放射治疗。脊索瘤因为具有高度的复发性，而且平均寿命大约为6.3年左右，因此，建议早期进行医学干预。如果不进行医学干预，平均寿命相对较短，一般不超过2年。虽然经过手术或者放射治疗，患者的预后也不会太好，但是，可以提高患者的生存率。目前虽然有研究表明单独用质子束治疗或者与高能量X线联合，可以比常规的放射治疗更为有效，但是，由于受到技术和仪器的限制，该方法的开展不是很理想。如果有条件，可以考虑用质子束的方法进行治疗。