在脊索瘤的治疗方面，主要有两种方法，一种是手术治疗；另外一种是放射治疗。手术治疗，由于脊索瘤的发生主要在颅底，肿物靠近脑干，手术暴露困难，很难完全切除，而且术后往往容易复发，病人预后很差。放射治疗，由于瘤对放射线不太敏感，放疗效果也不理想。有研究对两种方案进行了比较，两种方式5年生存率，单纯手术的存活率约33%，单纯放疗者为69%，手术加放疗5年生存率约为75%，从统计学上看，手术结合放疗是延长存活期的有效手段。