脊索瘤最常见的症状就是头痛，性质多为持续性的发作，可以口服药物进行缓解，但是一旦停药再次复发。然后其他的症状也有一些压迫视神经，会造成视力以及视野的障碍。有的也会侵犯垂体，造成内分泌功能的障碍，比如说造成泌乳停经等等一系列的变化。有的也会因为压迫下丘脑而造成体温调节异常。有的患者也会因为脊索瘤逐渐生长而出现异常放电，导致抽搐的情况。