对于斜坡部位的脊索瘤来说，后期肿瘤会侵犯到视神经和垂体，容易造成患者出现视力减退，视野缺损的情况，部分患者有垂体功能受损，表现为激素水平分泌异常。男性患者可能会出现性功能减退，阳痿早泄，女性患者则表现为月经不调。甚至有个别的患者还可能会出现外展神经麻痹。到后期，部分患者可能会表现为眼球震颤，共济失调，颅神经麻痹，以及锥体束征。