骨结核需要与以下疾病相鉴别：
1、类风湿关节炎：女性多见，常累及手足小关节，多呈双侧对称性发病。疾病后期可累及其他小关节，并可出现关节变形及关节强直，但无寒性脓肿和窦道。
2、强直性脊柱炎：好发于15-30岁男性，病变多由髋关节、骶髂关节开始，沿脊柱向上发展至颈椎，四肢大关节可同时受累。多数患者脊椎的韧带、软骨发生钙化，椎间形成骨桥，脊柱由坚硬变为强直，骨质疏松，但无破坏及死骨、无脓肿。通过X线、磁共振扫描等可与骨结核进行鉴别。
3、化脓性骨关节感染：发病多急剧，全身中毒症状和局部炎症反应明显。X线可见骨质破坏及大量新骨形成。与骨结核通过X线表现即可进行鉴别。