脊索瘤治疗的标准方案一般是手术切除加术后放疗。目前质子放疗广泛应用在脊索瘤的临床治疗，是治疗脊索瘤的新方法。质子放疗可以有效的避免射线对脊柱和脑部主要功能区的照射，并且在入射皮肤时几乎没有剂量的损失，同时能在肿瘤部位实行大剂量爆破，能够有效的杀死癌细胞。在欧美，儿童肿瘤的质子治疗已经纳入了保险，因为质子治疗可以有效的保护正常组织，这对于生长和发育的儿童来讲是不二的选择。质子重离子放疗与手术配合，将是以后治疗脊索瘤的新方案。